Романът съществува в три версии.
Първата излиза в две части през 1930 г. в библиотека „Български исторически романи” на книгоиздателството на Петър Карапетров „Древна България”. Затова и романтичният и приповдигнат тон, с който авторката описва бляскавата епоха от времето на царуването на тримата братя Асен, Петър и Калоян, е казвам.
Дори най-възможният – при унинието, обхванало българите след краха на националния идеал за обединение на всички българи в една държава и стопанската разруха, настъпи след Първата световна война. „Солунският чудотворец” е и първият исторически роман, в който българските събития така гордо са съпоставени с европейското Средновековие.
След 1944г. Фани Попова-Мутафова изпада в немилост, тя е наклеветена и арестувана, осъдена е от т. нар. народен съд на 7 години затвор за „прогерманска дейност” и „великобългарски шовинизъм”. След 11 месеца е помилвана и излиза на свобода поради тежката астма, от която боледува.
Чак през 1962 г. Фани Попова-Мутафова минава по обичайната процедура, на която са подложени писателите, заклеймени от новата власт като буржоазни. Това става с нейния предговор към първото след 1944 г. издание на „Дъщерята на Калояна” през 1962 г. Доста късно – едва през 1969 г., излиза отново и „Солунският чудотворец”, стереотипно препечатан оттогава насам.